Aile Hükümeti, Elaldı köyüne atanan Salih öğretmenin akraba evliliklerinin önüne geçmek için bulduğu çözüm sonrasında tüm köy halkının düştüğü trajikomik durumları konu edinmektedir. Salih, Elaldı köyüne atanan genç bir öğretmendir. Köydeki yeni hayatına alışmaya çalışan Salih, köyün güzeller güzeli kızı Zeynep’e aşık olur. Salih’in en büyük korkusu akraba evliliklerinin sık görüldüğü köyde Zeynep’in de evlendirilmesidir. Bu soruna bir çözüm bulmaya çalışan Salih, Aile Bakanlığı’na dilekçe yazar. Salih’in yazdığı dilekçeler sonrası harekete geçen bakanlık köydeki aile hayatının düzene sokulabilmesi, yaşanan sorunların çözülebilmesi için bir proje hazırlar. Projeye göre herkes resmi nikah kıyacak ve akrabası ile evlenmeyenler, oturdukları evlerin ve işledikleri tarlaların tapularını almaya hak kazanacaktır. Bunun ardından evlenmeleri uygun olanları listelemeye başlayan Salih, beklemediği bir sonuç ile karşılaşır. Listeye göre insanlar sevdiklerinden ayrı düşüp başkalarıyla eşleşince işler karışık bir hal alır.